หลังจากเหตุการณ์ในผีชีวะ มหันตภัยไวรัสมืด หน่วย Bioterrorism Security Assessment Alliance (BSAA) นำโดยคริส เรดฟิลด์ ได้รับแจ้งว่ามีการแพร่ระบาดของเชื้อที-ไวรัสในซานฟรานซิสโก แต่ไม่สามารถหาต้นตอของการติดเชื้อได้ เบาะแสเดียวที่พวกเขามีคือ ผู้ติดเชื้อทุกคนเคยไปเยือนเกาะอัลคาทราซมาก่อน ในขณะเดียวกัน ลีออน เอส. เคนเนดี้ เจ้าหน้าที่หน่วย Division of Security Operations (DSO) ได้รับภารกิจให้ช่วยเหลือ ดร. อันโตนิโอ เทย์เลอร์ นักวิทยาศาสตร์จาก DARPA ที่ถูกลักพาตัว หญิงสาวลึกลับคนหนึ่งพยายามขัดขวางภารกิจของลีออน แต่เขาก็สามารถติดตามเธอไปจนถึงเกาะอัลคาทราซ เมื่อคริสและลีออนมาถึงเกาะอัลคาทราซ พวกเขาก็ได้พบกับจิล วาเลนไทน์ หน่วย BSAA อีกคนหนึ่ง ทั้งสามคนต้องร่วมมือกันเพื่อต่อสู้กับฝูงซอมบี้และสัตว์กลายพันธุ์ที่เต็มไปบนเกาะ พวกเขาต้องค้นหาต้นตอของการแพร่ระบาดและหยุดยั้งมันก่อนที่จะสายเกินไป